A csecsemők és a gyermekek bélmikrobiomjának kialakulása megannyi tényezőtől függ. A legmeghatározóbb a születés pillanatát követő első ezer nap. Rendkívül fontos a születés módja. A gyermek világrajövetele előtt végighalad a szülőcsatornán, melynek mikroorganizmusokban gazdag közegéből vesz magához egy keveset. A császárral szültetett babák jellemzően „sírósabbak”, sokszor fáj a pocakuk és a későbbiek folyamán is hajlamosabbak lesznek a gyermekekre jellemző tápcsatornai, felső légúti fertőző megbetegedésekre. A szülőcsatornában található anyai baktériumok hiányában a legtöbb esetben az anya bőrflórája, illetve a kórházi mikroorganizmusok azok, melyekkel a gyermek szervezete először találkozik, természetesen ez nem egy szerencsés helyzet. Szintén meghatározó elem a gyermekek mikrobiomjának fejlődésében és a véglegesnek mondható bélflóra kialakulásában az anyatejes táplálás.